家系图：
检测项目：先证者已经做了一系列与听力，遗传代谢病，智力相关检测，获得了较完善的表型；核型，染色体芯片(CMA)，全外显子组测序(WES)结果均为阴性。来我院就诊的时候，医生看到该做的检测都做了，且部分基因检测项目做了还不止一遍，因此让病人拿到一家三口的WES原始数据做下重分析。检测结果：这个重分析是我完成的，拿到初步分析结果后，两个人同时做解读。前后分析了好久，一个月之后还是阴性结果。都准备出阴性报告了，这时候与我同时进行分析的一博士，说找到了致病变异。变异及评级证据如下：变异评级证据：致病（PVS1+PM2+PP4）该变异为无义突变，导致蛋白功能改变（PVS1）；该变异等位基因在G/ExAC/gnomAD等正常人群数据库中均未收录（PM2）;该患者的表型与Cebalid综合征高度一致（PP4）。MN1(NM_.2):c.CT(p.QX)变异是一个stopgain突变，变异评级也能轻松评为致病，但是两次分析都没有确定该变异位点。经查询OMIM数据库，MN1基因突变可导致显性遗传的Cebalid综合征(MIM:MIM:)和脑膜瘤(MIM:)；Cebalid综合征的主要临床症状为头部畸形，面部畸形，耳部异常，听力障碍，语言发育迟缓，智力发育迟缓，肌张力减退等。但是我通过对比本地OMIM，CHPO数据库和在线数据库，发现在年前更新的OMIM数据库中未报道Cebalid综合征表型，Cebalid综合征表型(MIM:MIM:)的更新时间为年2月。查阅OMIM数据库中MN1的reference部分，发现最新的两篇文献是年初发表的，也就是说MN1的Cebalid综合征表型是年新收录的。以自己在第三方检测公司工作的经历来看，第三方在做变异解读时，一般参考的是本地数据库，不会一个个去查阅OMIM，CHPO和文献等在线数据库。如果是更新滞后的话，做解读时是看不到Cebalid综合征相关表型的，因此该变异很可能也会被过滤掉。自己的分析流程跑的结果中，该变异的程序化变异判读结果也为Pathogenic（PVS1+PM2+PP3）。由于本地数据库也有半年没有更新了，并且当前患者的表型与MN1基因的脑膜瘤(MIM:)表型完全不相关，因此在表型匹配的步骤也排除了该变异，同样犯了这个错误。与我同时做解读的博士更细心的去查阅这些变异，最终才确定了致病变异。这个患者也是比较幸运，刚好赶上文章发表才得以确诊。到这里还有后续。年12月的时候，湖南省妇幼在《Brain》期刊发了一篇文章MN1geneloss-of-functionmutationcausescleftpalateinapedigree。报导了一个患有听力损失和腭裂家系中2个患者及B超观测到腭裂的胎儿中检测到MN1移码突变NM_.3(MN1):c.del(p.GAfs*12)，表型与变异共分离。与MN1基因已报道的Cebalid综合征不同的是，两个患者中检测到传导性听力损失和腭裂的临床症状，但患者智力正常，并未观察到CEBALID综合征的严重临床表型（包括发育迟缓、颅面特征或特征脑成像）。MN1(MIM:)最初被鉴定为被染色体平衡易位破坏，并在脑膜瘤和骨髓增生性疾病中发挥作用。WenjinLiu等人年通过Mn1基因纯合突变的小鼠试验表明Mn1在调节哺乳动物腭发育中发挥重要作用。直到Mak等人于年首次将该基因描述为MN1C末端截短（MCTT）综合征CEBALID综合征（MIM）的致病基因，建立了人MN1基因新的表型。位于外显子2或外显子1的3’端的截短突变，被预测从无义介导的mRNA降解（NMD）中逃逸（Mak等人，）。Miyake等人（年）也报告了三名携带MN1基因C端截短突变的患者，他们具有类似的严重临床特征；还通过体外实验证实产生NMD逃逸的MN1截短突变为功能获得型变异，通过增加蛋白质稳定性，抑制细胞增殖和增强MN1核聚集来发挥作用（Miyake等人，年）。MN1基因C端截短突变蛋白定量，(A)直接定量，(C)经CHX，MG处理后的定量结果
Mark等人（年）通过trio-WES鉴定了MN1N端（MN1前1/3区域）三个新发截短变异。这些患者的表型部分重叠，但不同于MCTT综合征。p.Ser*突变患者的临床症状为(运动障碍，轻度传导性听力损失，面部不对称和粘膜下腭裂）；p.ProThrfs*突变患者的临床症状为（社交障碍、言语延迟、轻度传导性听力损失和鼻突出）；p.Ser*患者的临床症状为（言语延迟，轻度传导性听力损失和非特异性面部特征）。N端的三种突变被预测为会诱导无义介导的mRNA降解(NMD)。尽管这三名患者都有传导性听力损失和一系列语言缺陷，但没有患者有明显的智力残疾或MCTT综合征特征的面部畸形。
与C端NMD逃逸导致MN1截短蛋白稳定性增强不同的是，LiShu等人通过mRNA定量和Westernblot蛋白定量实验检测到p.GAfs*12突变患者中MN1的产物显著低于家系中的对照。证实p.GAfs*12位点的截短突变会产生NMD，与N端截短变异的NMD预测结果一致。
MN1:p.GAfs*12MN1基因mRNA(A)和蛋白(B)定量结果
结合LiShu等人和Mark等人MN1基因的病例报道，4例MN1基因的N端截短的患者表现出部分重叠表型（如听力损失）。经查询gnomAD正常人群数据库，检索结果显示MN1最常见的功能丧失型变异MN1:p.GlnAlafs*26在非洲对照人群频率为3.4‰(32/），全部为杂合，未检测到纯合子个体。较高的人群频率表明p.GlnAlafs*26杂合突变可能不致病。上述数据表明，MN1单倍体剂量不足可能导致神经发育异常、腭部缺损和面部畸形，表型存在异质性且可能不完全外显，但与Cebalid综合征的颅面部畸形或脑畸形无显著相似性。
同为截短突变，发生在不同位置的截短突变表现出不同的表型。MN1C端的第2个外显子的多物种氨基酸序列比对结果显示出高度保守性，且gnomAD正常人群数据库在C端(aa)也无截短变异收录。Miyake等人的体外功能实验证实MN1C端缺失产生NMD逃逸翻译成不完整的蛋白，C端缺失蛋白的稳定性增强，在细胞核内聚集，从而表现出功能获得型表型。LiShu等人和Mark等人研究结果表明N端截短变异会产生无义介导的mRNA降低（NMD），导致MN1单倍剂量不足，表现出功能丧失型表型。
这个案例也给自己做解读一些启发。在做变异筛选时，除了根据常规的变异筛选流程来进行筛选外，在没有找到能够解释患者表型的明确致病/可能致病的变异时，可以多
