医院创建于年，系国家卫计委预算管理单位、医院，是集医、教、研、防为一体医院，全国儿科学重点学科，最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学博士后流动站。
医院科技竞争力排行榜、医院最佳专科声誉排行榜和医院最佳临床学科排行榜中，医院儿科学均位居前列。并于年1月获批成为国家儿童医学中心。
医院开放床位张，年门急诊服务量逾万，出院病人突破4.2万人次，住院手术2.8万。医院专业设置齐全，是上海市第一家小儿涉外特需医疗中心和亚洲国际救援中心。
医院拥有7个国家临床重点专科，包括：新生儿、重症医学科、小儿消化科、中医儿科、新生儿疾病重点实验室、小儿外科、临床护理。新生儿、外科、心血管、传染病等专业曾先后被列为卫生部临床学科重点专业。
为适应临床发展需要，医院先后设立了疑难病诊治中心、癫痫中心、遗尿中心、哮喘诊疗中心、小儿微创外科中心、复旦大学小儿肾脏病和泌尿系统疾病诊治中心、上海市儿童听力障碍诊治中心。医院拥有先进的医疗检测设备和检验技术，为一流的诊疗提供技术保障。
普外和新生儿外科普外科和新生儿外科自年建院以来就是小儿外科的重要核心部分，顺利完成“上海市小儿外科疑难重症诊治中心”建设指标并连续三年荣获“医院和最佳专科声誉排行榜”的专科排名第二名，是卫生部重点专科和是国内最大的小儿外科住院医师规范化培训基地之一。专科拥有正高5名，博士生导师3名，均在国内外占有重要的学术地位。
医院国内最大的监护病房，初步建立了上海地区新生儿复杂畸形的产前会诊和转运网络建设，形成学科交叉和卫生资源共享，成为新生儿复杂畸形的诊疗中心，是上海市出生缺陷防治重点实验室依托科室之一，每年救治全国各地转诊泄殖腔畸形，长段型食道闭锁，连体畸形等复杂畸形数十例。
肝胆外科方面，胆道闭锁近年每年单中心诊治约例患儿，术后3个月黄疸消退率在75%以上。作为率先在国内开展小儿肝移植手术的科室，是上海唯一的一家儿童专科拥有DBD和DCBD供体肝移植资质的单位，肝移植患儿术后随访，生存率达75%-87%。
肛肠外科方面，最早一批在国内开展Pena及Soave术,年成功举办全国先天性肛肠畸形学习班,现已逐渐形成从手术，病理诊断到肠道管理的全面诊疗体系。腹腔镜、胸腔镜等微创技术已普及到临床的大多数病种，并在传统的腹腔镜基础上，发展了单切口的腹腔镜技术，目前正探索经自然腔道的小儿腹腔镜手术（NOTES）的临床可行性。
普外医院小儿创伤中心的重要部分，得到上海市卫生局“三年行动计划”的资助，创伤中心依托本院PICU和急诊科平台，已初步建立了院前救治、急诊室抢救、监护室监护、专科专制、创伤康复为一体的创伤急救体系，一氧化氮吸入，先进的呼吸支持转运系统，ECOM等技术，为危重外科患儿的围术期支持方面的强有力的保障。
